"Раздавите гадину!" - призывал в XVIII веке Вольтер, имея в виду католическую церковь. Первый удар в омерзительную морду этой гадины нанёс Мартин Лютер, монах-августинец и профессор теологии в Виттенбергском университете. Именно на его совести начало Реформации, которая привела к кровопролитным войнам и тысячам смертей по всей Европе. Но лютеровская новая интерпретация таинства покаяния и осуждение им в 1516-1517 торговли индульгенциями, которую практиковали доминиканцы, превратили его в пророка Реформации.
Германский религиозный бунт против церкви, который на первых порах рассматривался католическим императором Карлом V как "пустая монашеская свара", в конечном счете привел к обращению значительной части Северной Европы, в том числе большой части Германии, в протестантизм. Он породил также серию внутригерманских конфликтов между территориальными князьями, имперскими городами, рыцарями и крестьянами. Протестантское движение стимулировало католические реформы, привело к созданию ордена иезуитов и расширению деятельности инквизиции, а также породило серию религиозных войн и общественных революционных движений, которые продолжались до 1648. Вызвав дальнейшее дробление христианской церкви, Реформация серьезным образом повлияла на ход мировой истории. В 1525 Германию сотрясала широкомасштабная крестьянская война, подавить которую удалось лишь с огромным трудом. Последним крупным дипломатическим успехом Карла было подписание религиозного мира в Аугсбурге (1555) - временного соглашения между католическими и лютеранскими князьями. За князьями признавалось право определять религию своих подданных в соответствии с принципом "cuius regio, eius religio" ("чья страна, того и вера"). Однако это соглашение не учитывало интересов последователей других протестантских вождей - Х. Цвингли и Ж. Кальвина - и анабаптистов. С 1554 и до своей смерти в 1558 Карл постепенно отдалялся от политической деятельности. В эти годы его сын Филипп II вступил в обладание испанскими, итальянскими и нидерландскими владениями, тогда как австрийские владения и императорский титул достались его брату Фердинанду I, который официально правил империей в 1556-1564. Ранее Фердинанду удалось присоединить к землям Габсбургов Чехию и Венгрию. Период 1555-1607 не был отмечен сколько-нибудь серьезными гражданскими беспорядками в империи или войнами, хотя церкви (католическая и протестантская) продолжали соперничать друг с другом и сохранялась угроза со стороны Османской империи. Экономика Германии пострадала от переноса торговых путей на недавно открытые трансатлантические маршруты. Все это, а также конфликты между ганзейским союзом и елизаветинской Англией привели в упадок практически все до этого процветавшие германские города. Фердинанд I, а затем Максимилиан II (правил в 1564-1576) пытались сохранить религиозный мир, но Рудольф II (правил в 1576-1612), поддерживаемый иезуитами, активно действовал на стороне герцога Максимилиана Баварского с целью продолжения католической Контрреформации.
